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1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，宇宙中有可能为人类历史上最大强敌的高等生物存在，于是各国政府冻结了国家之间的利害关系，成立了统合军，意图整合世界现有国家组成单一人类政府，并开始重建这艘代号为 ASS-1 的外星太空船。然而，也就是在这个时候，以苏联为首的华约集团，却主张应重视各国之间文化的差异，而反对这项同盟，并组成反统合军同盟，与由西方国家主导的统合军对抗。在2000到2007年之间，双方为取得外星人的遗迹与科技而在世界各地进行激烈的争夺与互角。后世称为（第一次）统合战争。2008年，统合战争告一段落，反统合军势力亦大致遭到压制。据报在南太平洋的玛雅岛上发现外星人的遗迹，统合军便出动特遣舰队前往回收。然而，同样得知消息的反统合军同盟残存势力也派出了特遣舰队，企图抢在统合军之前回收这项重要的技术，并扳回当前的颓势。双方在这太平洋小岛的周边，展开了一场激烈的海空大战。此时，主角工藤真以统合军战斗机飞行员的身分，加入了这场战斗。